Одной из отличительных сторон FreeBSD по отношению к Linux является отличие в путях расположения некоторых файлов и частей системы. Непосредственно к установке питоновских пакетов с расширениями для CPython относятся пути: /usr/include и /usr/lib. В FreeBSD эти пути расположены тут: /usr/local/include и /usr/local/lib.